•   از آنجاکه یکی از اهداف اصلی مرکز کاربردی کردن تحقیقات است چشم انداز آینده پژوهشهای مرکز مبتنی بر توجه ویژه بر برقراری ارتباط بین تحقیقات پایه با بیماریهای مرتبط طراحی شده است.  
• در حالیکه گیاهان داروئی و خواص درمانی آنها در جهان و در کشورمان ایران مورد توجه عامه مردم و مراکز دانشگاهی قرار گرفته است بررسی اثر داروهای گیاهی در عرصه های تحقیقاتی از اهداف دیگر ترسیم شده  در مرکز  می باشد.
• بررسی پدیده های بیولوژیکی در سطوح سلولی –ملکولی، تحقیقات در عرصه علوم بیومدیکال را دچار تحول شگرفی کرده است. یکی از اهداف پیش رو در مرکز تحقیقات فیزیولوژی حرکت بسوی مطالعات سلولی –ملکولی است و از هم اکنون طرحهای تحقیقاتی متعددی با همکاری سایر مراکز تحقیقاتی در حال اجراست.
• وزارت متبوع با راه اندازی دوره PhD by research در دوره علوم اعصاب درمرکز تحقیقات فیزیولوژی موافقت نموده است و در حال حاضر در این رشته دانشجو پذیرش شده است و راه اندازی رشته های دیگر در این مقطع نیز از اهداف آینده مرکز می باشد.   
• توسعه تجهیزات بگونه ای که هم دامنه تحقیقات در زمینه های تحقیقاتی موجود گسترده تر شود و نیز بتوان مجموعه های تحقیقاتی جدیدی را برپا نمود نیز از دیگر اهداف پیش رو در مرکز تحقیقات فیزیولوژی می باشد.
• در طول سالهای فعالیت، مرکز تحقیقات فیزیولوژی دانشگاه علوم پزشکی کاشان از رشد سالانه مثبت در بروندادهای تحقیقاتی برخوردار بوده است و با داشتن چنین پتانسیلیاین مرکز امیدوار است با به تولید رسانیدن دستاوردهای پژوهشی خود بتواند سهمی ناچیز اما موثر در پیشرفت علم و فناوری در کشور داشته باشد.

اهداف
       
1 - توسعه و به کارگیری دانش بشری در زمینه علم فیزیولوژی
2- انجام پژوهش های بنیادی اپیدمیولوژیک و بالینی درجهت اصلاح نظام و ارائه خدمات بهداشتی درمانی کشور به منظور جواب گویی به نیازهای جامعه اسلامی
3- جمع آوری، تنظیم و طبقه بندی اسناد، مقالات و مدارکمربوطه و انتشار آنها
4- تربیت نیروی انسانی محقق در زمینه فیزیولوژی
5- ترغیب، تشویق و به کارگیری محققین
6- کوشش در جلب توجه و همکاری مراکز تحقیقاتی و اجراییمربوطه در داخل کشور
7- همکاری علمی با مراکز تحقیقاتی و آموزشی سایر کشورهاو سازمان¬های بین المللی با رعایت قوانین و مقررات دولت جمهوری اسلامی ایران